超空のギンガイアン

四獣神に支配された国ハルス。そこで人々は感情を出す事を禁じられ、毎日国の利益のために黙々と働く。そんな中、四獣神の目の届かない地下の遺跡、G-ゲートでかつての人間のように人間らしく愛とともに暮らすシアの一族がいた。彼らは太陽の光が届かない地下でも鎖骨の間にある“サードアイ”で映像を脳に転送する事ができる。シアの一族の長、ハミルとカレンの子供、ソレイユとサンは2人の愛情を注がれ幸せに暮らしていた。
しかしある時、四獣神にG-ゲートが見つかってしまう。ハミルはソレイユとサン、ペットの宇宙生物ルキアンを家の隠し扉から逃がす。慣れない初めての地上で2人は協力しあい逃亡生活を続けたが、サンが四獣神の部隊に捕まってしまう。ソレイユは1人で逃げる中、一人の女性と巨大な重機と出会う。

ソレイユが出会ったのは四獣神に立ち向かうレジスタンス「フィフスゴッド」の救護班ラビトのリーダー伊吹・レッドスターと、「クレッセント・コバルト」という対四獣神人型兵器を操るパイロット郡司聖也であった。「珍しいねぇ、君、人間？」そう聞かれ、初めて出会った地上の人間に戸惑うソレイユ。瞬間、敵の重機が襲ってくる。クレッセント・コバルトで立ち向かう聖也。激しい戦闘に巻き込まれそうになった子鹿をとっさに助けるソレイユ。自分の身を呈して子鹿を助けたソレイユを見て「本当に不思議な子」と伊吹がつぶやく。
なんとか敵を撃破し、2人に事情を説明するソレイユは、話しているうちにポロポロ涙を流す。伊吹に「泣くなよ。男の子だろ。悲しいなら、自分の手で未来を変えるしかない」そう言われ「フィフスゴッド」と共に行くことを提案される。ソレイユは岩場に隠してあった宇宙戦艦「ベオグラード・ザッハ」に案内され、艦長のシンヤ＝リーと会う。シンヤはソレイユの持っていた不思議な石を見つけ驚き、シンヤもそれに似た石を持っていると告げる。それはG-ゲートから逃れた時、父ハミルがソレイユに持たせてくれた石だった。ソレイユの石とシンヤの石とを合わせてみると、未完成の宇宙航海図と、「この国を滅ぼさんとする邪神の現れし時、ギンガイアンに答えあり」との言葉が残された。四獣神こそ邪神、と考えたフィフスゴッドはギンガイアン目指し出航するのであった。

ハルスを出発してすぐ、四獣神の追っ手に襲われたベオグラード・ザッハは、応戦するためにパイロットを招集。フィフスゴッドのメンバーは、対四獣神人型兵器「クレッセント」シリーズで出撃するが、敵の数はかなりの量で苦戦する。メンバーが指示を待つ中、「おい、君。クレッセントに乗ってみろ」とシンヤが指名したのはソレイユだった。ソレイユは初めての出撃とは思えない、慣れた扱いで敵を見事に倒す。ソレイユや他のパイロット達が意気揚々と戻って来ても、伊吹は納得がいかない。「いきなり子供を乗せるなんて！」とシンヤを問い詰める。しかしシンヤは、「あのサードアイは、戦いにおいて素晴らしい力を発揮する。」とソレイユを「クレッセント・ゴールド」のパイロットに任命してしまう。四獣神の部隊を倒して高揚するソレイユだったが、コルトに「お前が偉いと思うなよ！」と文句を言われてしまう。ソレイユは仲直りしたいが、コルトはなかなか話をしてくれない。
数日後、再び四獣神の部隊が接近。シンヤに止められたのにも関わらず、パイロットとして認められたい思いから、一人でクレッセントで出撃するコルト。しかし四獣神のシールドで隠れていた敵が数隊現れ、途端にコルトはピンチに。コルトは逃げるが挟み撃ちにされ、撃破される、と思ったその瞬間、ソレイユのクレッセントがコルトを救う。他のクレッセントも出撃し、ベオグラード・ザッハは勝利する。その夜。「ありがとな。認めるてやるよ」と、照れ臭そうに手を差し出すコルト。ソレイユはしっかりと握手するのであった。

四獣神の部隊は追い払ってもまたやってくる。その度にソレイユは郡司聖也、刃弥勒と共に出撃する。聖也はエースパイロットで、腕は一級品。弥勒もまた優秀なパイロットで、2人で出撃する時は無敵と言われるほどだ。そんな中、ソレイユは聖也が、遅刻をしたメンバーを激しく叱責しているのを目撃する。周りに聞くと聖也は時間に異常に厳しいとの事。なぜ時間に固執するのかは皆知らないようだった。一方弥勒は先鋒でも殿（しんがり）でもなんでもスマートにこなすが、口数が少なく自分の身の上を語る事もない。謎多き2人だが、ソレイユは2人に憧れ慕っていた。
ある日、戦いで軽傷を負ったソレイユは救護室に向かう。そこにはアー、ユー、ランランという女子達がいて、悪戯好きのアーとユーにからかわれまくる。アーとユーが飽きてようやく解放されたソレイユはランランに治療を受け、その中で聖也の話を聞く。聖也にはどうやら記憶障害があり、たまに自分がわからなくなる事があるらしい。弥勒の事はランランもわからないという。
弥勒と2人きりの任務を通じて、弥勒になつくソレイユ。明るく素直なソレイユに弥勒は心を開き、少しずつ身の上を話し出す。弥勒は幼い頃から1人で生きて来たが、面倒を見てくれたり優しくしてくれたりした人々が皆不幸になってしまう。自分のせいだと思った弥勒は誰とも仲良くならないよう1人で生きてきた。大怪我をしてベオグラード・ザッハに運ばれそのまま共に旅しているが、迷惑をかけたくないのでメンバーとは関わらないようにしているという。それを聞いたソレイユは同情する様子も気を使う様子もなく「じゃあもう大丈夫だね！だってベオグラード・ザッハのみんなも僕も、いま幸せだから」と澄んだ声で言った。それはまるで「この唐揚げ、美味しいね！」というぐらいの軽さだったので、弥勒は少し嬉しい気持ちになった。

ある日ソレイユはランランから、もうすぐフェスティバルね、と声をかけられキョトンとする。コルトに聞くと、フィフスゴッド結成の日を「フェスティバル」として毎年みんなでお祝いしているという。コルトが嬉々として説明している横で「そんなに楽しいかね」と皮肉を言うリチャード。そんな皮肉屋の息子をたしなめるマスターゴーシュ。ソレイユは言い合いながらも楽しげな親子のやり取りを見て羨ましく思う。
救護班ラビトではバンドをやるらしく、練習に忙しいアーとユー。ふと二人に家族のことを聞くと「私たち親を知らないの」と2人がスラム出身で2人きりでたくましく生きてきた事を聞く。家族とは何か、両親、妹のことを考えてしまうソレイユ。
フェスティバルの準備で立ち寄ったポートスターでは四獣神の部隊で新進気鋭の戦士の噂で持ちきりだった。その戦士は「金色（こんじき）の仮面」と呼ばれていた。
そしてお祭り当日。各班の出し物で盛り上がり、最後に宇宙花火が上がる。楽しいお祭りの終わりを寂しく眺めるソレイユの後ろにいつの間にかシンヤがいる。「楽しめ。もう俺たちは仲間じゃない。家族だ」その言葉に涙して喜ぶソレイユ。
家族のために頑張ると決めたソレイユは四獣神の部隊相手に調子が良い。しかしそれを心配そうに見る伊吹。
敵の戦士が重機から投げ出されたところをソレイユがとどめを刺そうとした瞬間、敵の戦士の仮面がはがれる。その顔を見て驚愕するソレイユ。それは同じくG-ゲートで共に生活していたシアの一族の者だった。

僕は人間を殺していたのか。
四獣神が捕獲した人間に強制プログラムをかけ部隊の兵士として使っていた事を知ったソレイユはショックを受ける。「なんで教えてくれなかったんだ！」伊吹に当たり、部屋に閉じこもる。伊吹はシンヤに「年端もいかない子供を乗せるからこうなったのよ」と憤慨するが、シンヤは「俺は使えるものは使う。もう二度とあのような過ちを犯さないために」とつぶやくだけだった。
それでも四獣神の部隊は襲ってくる。出動命令が出るも、動かないソレイユ。ソレイユのいないフィフスゴッドはピンチに陥る。部屋に閉じこもっていたソレイユは仲間の状況が気になり様子を見に行き、クレッセントが全機出撃している事に気付く。誰が⁉︎ と確認すると伊吹がクレッセントに乗っている。「私も昔パイロットだったけど、恋人が目の前で殺されてそれから救護班に回ったの」と言っていた伊吹を思い出したソレイユは心が揺れる。シンヤに「多少の犠牲を払って幸せを手に入れる、お前にはそれが出来ないのか」と言われるが、ソレイユは頑なに首を横に振るばかり。シンヤは過去の四獣神に対する戦争「ブラッドバレーの戦い」で、相手が人間と気付き躊躇した事で片足をなくし、戦力を外れ目の前で何人もの仲間を失ったと語る。「……それでも僕は全員救いたいんだ！」ソレイユの言葉にシンヤは「それでいい。普通にやったら全員は救えない。ここの動力源を半分だけ斬るんだ。それで追手の足を止められ、敵の命を奪う事もない。難しい技術がいる。お前にしかできない事だ。できるか？」
シンヤは伊吹を呼び戻し、ソレイユはすべてを救うためにクレッセントに乗り込んだ。

もう一度クレッセントに乗り込んだソレイユは言われた通り、動力源のパイプを半分だけ斬ろうと必死に戦っていた。なんとか足止めを成功させたと思った瞬間、とんでもない動きをする機体が現れる。それは噂になっていた「金色の仮面」の機体だった。
弥勒を圧倒しているその機体にソレイユも加勢。白熱した戦いを繰り広げるが、その動きがあまりにも酷似していることで聖也が気付く。
「あいつら、まるで双子だ」
そう、金色の仮面は双子の妹サンだったのだ。それに気付きサンに話しかけるソレイユだが、サンは一向に応じない。それどころか防戦一方のソレイユを攻撃し続け、隙を突きとどめを刺そうと剣を振りかざす。その瞬間、サンの機体が停止する。昔のままのサンが側にいる、と感じたソレイユがサンに呼びかけたところで、四獣神からの帰還命令がかかりサンは行ってしまう。
サンは戦闘強制プログラムを受けており、その解除の方法を知る者はいなかった。それでも助けたいと懇願するソレイユ。「大事なものを守るために！俺は生まれてきた！」叫ぶソレイユの言葉に、聖也は激しい頭痛に襲われ倒れる。救護室で意識を取り戻した聖也は「思い出した。俺はなぜあの出来事を忘れていたんだろう」とソレイユに語り始める。聖也には昔恋人がいたが、フィフスゴッドに入ったばかりの聖也は任務に一生懸命で彼女とあまり一緒にいる事が出来なかった。それでも寂しいと口にしない彼女が聖也は愛おしく彼女を一生守る、と心に決めていた。ところが、久しぶりに彼女と会う日に急な任務で待ち合わせ場所に遅れたせいで、四獣神の部隊に目の前で彼女を殺されてしまう。その出来事があまりにもショックだったため記憶を失っていたのだ。しかしソレイユの言葉ですべてを思い出した聖也は「大事な人を助けよう」とまっすぐソレイユを見て言った。

サンを助ける。その気持ちが強くなっているソレイユはリチャードに新しい武器を作ってくれるよう頼む。リチャードは「面倒くさい」と言うものの、家族を守りたいという気持ちを汲んでより速度を上げるブーストを速攻で作ってくれた。
そして金色の仮面の部隊が襲ってくる。戦闘に出た聖也とソレイユ。聖也はソレイユのサポートに回るが動きが以前の数倍も良い。記憶障害の謎が解けて迷いがないのだ。聖也が金色の仮面以外の敵を受け持ち、ソレイユは金色の仮面との一騎打ちに臨む。
拮抗する戦い。リチャードのおかげでスピードが増したソレイユが金色の仮面の動力源を切る事に成功。相手が停止したところで、刀をおろすソレイユ。クレッセントを降り、金色の仮面のコクピットに近づき念じる。「サン。聞こえるか？俺だ。お兄ちゃんのことが見えるか？」コクピットから出て来たサンはソレイユに銃を向ける。しかし銃は撃たれない。引き鉄を引けないサンは動揺し混乱する。そして。サンのサードアイが強い光を放ち、仮面が割れサンの顔が現れる。どれだけ強制されようとサードアイの部分はサンのままだったのだ。「家族の愛を矯正なんてされてたまるか！」ソレイユが叫ぶとソレイユのサードアイも光を放ち2人は光の球に包まれた。我に返ったサンはソレイユの元に飛び込み、双子の兄妹はもう離されないとばかりに抱き合いようやく再会を果たした。洗脳から解けたサンはベオグラード・ザッハに迎えられ、フィフスゴッドと共にギンガイアンを目指すのであった。

サンを乗せたベオグラード・ザッハは近くのポートスターに停泊、フィフスゴッドのメンバーは久しぶりの休息に入る。まだ緊張が解けず居心地の悪そうなサンだったが、ルキアンに引っ張られ救護班ラビトへ連れて行かれる。そこで伊吹に「特別な日には特別な入浴剤よ」とシュバイオン・カナザワ製の金粉入りのお風呂に入れてもらう。さっぱりしたサンはデッキにいるソレイユの元へ。ソレイユはサンと離れてからベオグラード・ザッハで起こった事を丁寧にかいつまんで話し出した。

無事フィフスゴッドに入ったサン。当時の矯正されていた記憶などから敵の機体の弱点などをシンヤに伝える。重宝がられているサンに「お前に殺されたやつもいるんだ」とコルトが責める。ソレイユが怒ってコルトに言い返そうとするとそれを止めるサン。「確かにそう。でも私はそれでも生きる。まだやることがあるから」大人びた発言のサンに驚くソレイユ。「それに、あなたの痛みも分かる。ごめんね。一緒に強くなろう」とコルトの手を握るサンに顔を赤らめてしまうコルト。
大人びたサンの様子を不思議に思いソレイユが伊吹に聞くと「矯正プログラムというのは12歳の子供が抱えきれない量の情報を植え付けらるから、妙に大人びるのかも」との事。なるほど、と思いながらも兄として複雑なソレイユ。
そして数日後、サンの歓迎会が行われた。皆でわいわいやりながらサンが入ったことを祝う。だいぶ打ち解け楽しそうなサンだったが、歓迎会終わり一人でいるサンに気付くソレイユ。久しぶりに兄妹水入らずでG-ゲートや家族の思い出を話し盛り上がっていると、突然泣き出すサン。やはり寂しかったのだ。「妹の寂しさを消すのが兄の役目だ」サンをぎゅっと抱きしめるソレイユ。
その拍子に何かが落ちる。それはあの、ソレイユとシンヤが持っていた石と同じ石だった。

石をシンヤに渡す。あの古代文明の石は、2つではなく3つだったのだ。3つの石を合わせると、完成した宇宙航海図と『四つの穢れし神々を倒すべし。サンサーラヨーガを解く術はレムリアンコードにあり』という言葉が現れる。サンサーラヨーガ…戸惑うソレイユたちに伊吹が、「サンサーラは輪廻転生、ヨーガは合体よ」とアドバイスする。どうやら四獣神は過去の記憶を残したまま転生を繰り返し4体で補完し合い今の形になった神で、その補完を解く方法がレムリアンコードにあるという事らしい。宇宙航海図はギンガイアンのある一点の場所を指し示している。おそらくレムリアンコードのある場所であろう。これさえあれば四獣神の支配を終わらす事ができる。ハルスを再建し、シアの人々、ハルスの人々を救うことが出来る。待っていて、父さん、母さんと呟くソレイユ。
いよいよギンガイアンが近づくが、またも四獣神の部隊が接近してくる。しかし今回は規模が違う。見たこともない大きな空母が部隊を引き連れている。突然サンの頭に衝撃が走り、映像が浮かんだ。「四獣神がいるわ、本体が来てる！」サンはそう言って倒れてしまう。サンを休ませ、クレッセント総動員で出撃。
圧倒的な力を発揮する四獣神。シンヤの「二手に別れろ！刃とコルトはギンガイアンに向かえ！我々が足止めする！」の指令で2人は離脱、四獣神をソレイユ、聖也が迎え撃つ。

四獣神との直接対決。敵は圧倒的に強いが、ソレイユ、聖也はなんとか四獣神に追わせないよう踏ん張っている。
ギンガイアンに向かった弥勒とコルトは、宇宙航海図通り進む。空からは美しく深い緑の森が果てしなく広がっているのが見える。クレッセントを降り森の中を行くと、突然遺跡が現れた。その遺跡の台座の上に石像があり中心部がぼんやり照らされている。「あれが、レムリアンコード…？」
一方ベオグラード・ザッハで休んでいたサンは目を覚まし、クレッセントゴールドで出撃。ソレイユと聖也に加勢する。3人のチームワークで、四獣神を徐々に押していく。
ギンガイアンでは弥勒とコルトがレムリアンコードを調べている。それは見たこともない文字が記された法典だった。2人には読む事は出来ないがとにかくベオグラード・ザッハに持って帰ろうと、レムリアンコードを刃が手にした瞬間、全ての光が奪われた。ピンチに陥った四獣神が、最後の秘技で世界を闇に染めたのだ。真っ暗な闇。何も見えない。音も聞こえない。皆が動揺する中、四獣神がゆっくりクレッセントに近づいてゆく。ソレイユがサンに話しかける。「大丈夫。目を瞑ろう」ソレイユに続きサンも目を瞑ると、2人のサードアイが開き、光を放つ。ギンガイアンまで届くその光の中、弥勒とコルトは法典を持ってソレイユたちの元へ戻ってくる。四獣神は一瞬光に怯んだが、体勢を立て直し光を吸い取って再び闇を広げてゆく。「闇なんて怖くない！」ソレイユとサンは手を繋ぎ弥勒が持ってきた法典を2人で持つ。文字をサードアイで照らし、2人は同時に法典の呪文を読み始める。驚く弥勒とコルト。ソレイユとサンが呪文を唱え終わると四獣神は四体バラバラになり、闇の中へ消えていった。
完全勝利である。
四獣神の部隊の人間たちも洗脳が解け、ベオグラード・ザッハと合流。ソレイユたちを温かく迎えてくれた。「ソレイユ！サン！」懐かしい声に振り向くと、そこにはハミルとカレンが。両親に抱きしめられ、涙を流して喜ぶ2人。
そして別れ。最後に全員と握手をするソレイユとサン。シアの一族はハルスに戻り国を建て直す。フィフスゴッドはしばらくギンガイアンを調査し、不当に支配されている星があるなら助けに行くという。泣きながら別れるソレイユたち。
そしてギンガイアンへ向かう戦艦の中。寂しそうに外を見る伊吹の肩にルキアンが飛び乗る。「ルキアン！」そしてその先にソレイユとサンが。「やっぱり俺たちがいないとダメでしょ！」
フィフスゴッドの戦いはこれからである。